Kielteisen työlupapäätöksen taustalla on aina se, että asiakas, työnantaja tai työsuhde ei täytä kyseisen oleskeluluvan edellytyksiä. Jokaista hakemusta arvioidaan laissa määritellyillä edellytyksillä. Osaan luvista liittyy Maahanmuuttoviraston lisäksi muiden viranomaisten harkintaa. Jos ELY-keskuksen tekemä osapäätös on kielteinen, myös Maahanmuuttoviraston päätös on kielteinen.
Maahanmuuttovirasto tarkastaa käsittelyn yhteydessä, että ulkomaalaisia työntekijöitä koskevat asianmukaiset työehdot. Työperusteisiin oleskelulupiin liittyy toisinaan väärinkäytöksiä, jolloin voi herätä epäilys, että työntekijä ei ole tulossa Suomeen kohtuullisiin työoloihin. Maahanmuuttoviraston pitää viranomaisena myös ehkäistä ja torjua ihmiskauppaa. Tähän Suomea velvoittavat Euroopan neuvoston ihmiskaupan vastainen yleissopimus ja Euroopan parlamentin ja neuvoston direktiivi ihmiskaupan ehkäisemisestä ja torjumisesta ja ihmiskaupan uhrien suojelemisesta.
Joskus päätös voi olla kielteinen siitä syystä, että oleskeluluvan hakija on syyllistynyt sellaisiin rikoksiin Suomessa, että hänelle ei voida myöntää oleskelulupaa. Lisäksi kielteisen päätöksen voi saada, jos oleskelulupaa on haettu Suomesta käsin tai hakijalla ei ole kansallista matkustusasiakirjaa. Kansainvälistä suojelua hakeneen työperusteista hakemusta ei yleensä tutkita lainkaan.
